Новый способ называть бактерии: 300-летняя система пересмотрена благодаря научным достижениям

Шведский ботаник Карл Линней создал биномиальную систему номенклатуры в 1737 году. Каждый вид получает имя из двух частей: названия рода (как фамилия) и уникального видового эпитета. Примеры: Homo sapiens и Escherichia coli. Универсальные имена помогают ученым четко общаться и связывать всю информацию о виде.

Решения о наименовании регулируются "кодексами". Бактериальный кодекс (International Code of Nomenclature of Prokaryotes), впервые опубликованный в 1947 году, строго требует, чтобы типовым материалом была чистая культура бактерии, доступная в коллекциях двух стран. Проблема в том, что большинство бактерий нельзя вырастить в чистой культуре в лаборатории, а значит, их нельзя назвать по этим правилам.

Новая инициатива SeqCode (Code of Nomenclature of Prokaryotes Described from Sequence Data), запущенная в сентябре 2022 года, меняет правила игры. Она позволяет использовать данные секвенирования ДНК в качестве типа. Это стало возможным благодаря повсеместному распространению секвенирования геномов: теперь можно получить полный геном бактерии прямо из образца окружающей среды, не выращивая ее в культуре.

SeqCode не заменяет существующий Бактериальный кодекс. Бактерии, для которых есть чистая культура, по-прежнему могут называться по старым правилам.

Формальная и стабильная система имен для всех бактерий поможет раскрыть потенциал биоразнообразия планеты, понять роль микроорганизмов в экосистемах и улучшить коммуникацию между учеными, что может стать шагом к открытию новых антибиотиков или методов лечения рака.