Учёные разработали новый метод для понимания того, что и где режет белок DROSHA

Исследователи из Центра исследований РНК в Институте фундаментальных наук (IBS) разработали новую технику fCLIP-seq для анализа фрагментов микроРНК (miRNA), создаваемых РНК-расщепляющим белком DROSHA. Этот белок участвует в регуляции нейронального развития, формирования костного мозга и подавления РНК-вирусов.

МикроРНК регулируют экспрессию 30–60% генов, кодирующих белки у млекопитающих. Зрелые miRNA (длиной ~22 нуклеотида) образуются из более длинных первичных miRNA (pri-miRNA) в многоступенчатом процессе, где DROSHA режет эти pri-miRNA на более короткие фрагменты.

Метод fCLIP-seq (formaldehyde crosslinking, immunoprecipitation, and sequencing) позволяет сохранить связь между DROSHA и его РНК-мишенями с помощью формальдегида, чтобы изучить, с чем связывается и где режет DROSHA.

Ключевые открытия:

• Впервые проведён геномный анализ сайтов расщепления DROSHA на pri-miRNA.
• Обнаружены сотни сайтов расщепления, включая новую информацию, отсутствующую в крупнейшей базе данных miRNA miRBase.
• Выявлены дополнительные модификации концов miRNA после обработки DROSHA, важные для регуляции биогенеза miRNA, сбои в котором часто связаны с болезнями, особенно с раком.
• Обнаружены множественные альтернативные паттерны расщепления DROSHA, которые производят разные продукты miRNA из одних и тех же предшественников pri-miRNA. Это явление оказалось более распространённым, чем считалось.
• DROSHA режет десятки мишеней, не являющихся pri-miRNA, что указывает на новые возможные функции белка.

Исследование опубликовано в журнале Molecular Cell. Ожидается, что оно откроет новые пути для понимания роли DROSHA в важных биологических процессах.