Galaxy DNA-анализ теперь доступен «в облаке»

Платформа Galaxy — открытая веб-система для ресурсоёмких биомедицинских и генетических исследований — теперь доступна как ресурс «облачных вычислений». Технологию, которая поможет учёным использовать инструменты для секвенирования ДНК, анализа и хранения больших объёмов данных, разработала команда исследователей, включая Антона Некрутенко из Университета Пенсильвании. Подробности будут опубликованы в журнале Nature Biotechnology.

Команда впервые создала вычислительную систему Galaxy (http://galaxyproject.org) в 2005 году, чтобы решить проблему анализа огромных массивов данных, генерируемых биохимическими и биологическими лабораториями. Galaxy объединяет различные инструменты для простого поиска и анализа больших данных, упрощая процесс геномного анализа. Как описано в ранней статье в Genome Research, платформа «сочетает мощь существующих баз данных аннотации геномов с простым веб-порталом». Galaxy также обеспечивает научную прозрачность, позволяя другим исследователям воспроизводить опубликованные результаты.

Теперь команда Некрутенко вывела Galaxy на новый уровень, создав «облачный» вариант, использующий, например, популярный сервис Amazon Web Services. Облако — это сеть мощных удалённых компьютеров, которая избавляет пользователей от необходимости заботиться об инфраструктуре. Это позволяет исследователям, где бы они ни находились, использовать практически неограниченную вычислительную мощность для хранения ПО, данных и анализа.

В качестве примера авторы приводят недавнее исследование, опубликованное в Genome Biology, где учёные с помощью Galaxy Cloud проанализировали ДНК девяти человек из трёх семей. Благодаря огромной вычислительной мощности платформы им удалось идентифицировать четыре гетероплазмических сайта — вариации в митохондриальной ДНК, которая передаётся исключительно от матери к ребёнку.

Galaxy Cloud предлагает и другие преимущества: учёным не нужно вкладываться в дорогую компьютерную инфраструктуру, а исследователи без глубокой компьютерной подготовки получают доступ к сложным инструментам анализа ДНК. Ещё одно преимущество — ёмкость хранилища данных. Используя облако Amazon Web Services, исследователи могут безопасно хранить огромные объёмы данных. По словам Некрутенко, появляются технологии, которые будут генерировать в 100 раз больше данных, чем существующее «секвенирование следующего поколения», что делает вопросы хранения и анализа ещё более актуальными.