Вариации на генетическую тему

Каждая клетка нашего тела содержит одну и ту же генетическую последовательность, но выражает её по-разному, что приводит к появлению клеток и тканей со специализированными свойствами.

Интегрировав данные об экспрессии генов из беспрецедентного разнообразия образцов человеческих тканей, команда Алвиса Бразмы из Европейского института биоинформатики (EMBL-EBI) и их коллабораторы впервые создали глобальную карту экспрессии генов. Полный анализ, лежащий в основе этого уникального взгляда на генетическую активность, определяющую нашу внешность, функцию и поведение, опубликован в Nature Biotechnology.

Анализ использовал данные, собранные в 163 лабораториях по всему миру, включая 5 372 человеческих образца из различных тканей, типов клеток и заболеваний. Хотя технически сложно, интеграция этих данных в крупном масштабе создала новый способ для учёных исследовать экспрессию генов. Анализ визуализирован как карта, разделяющая пространство экспрессии человеческих генов на шесть отдельных основных групп или «континентов».

Континенты появились путём группировки образцов со сходными сигнатурами экспрессии генов. Была установлена идентичность шести групп: мозг; мышцы; гемопоэтические (связанные с кровью) ткани; здоровые и опухолевые солидные ткани; клеточные линии, полученные из солидных тканей; и частично дифференцированные клетки. Визуализируя эти подмножества в 3D, можно сравнивать степень сходства профилей экспрессии генов в каждой группе. Например, анализ континентов показал, что клеточные линии обычно более похожи друг на друга, чем на ткань своего происхождения.