Полный геном хлоропласта симпетального растения из Центрального Китая

Clethra fargesii Franch. из семейства Клетровые (Clethraceae) — важное растение с декоративной ценностью и экологической приспособленностью, широко распространённое в горных районах Центрального Китая. До сих пор Clethra delavayi Franch. была единственным видом рода с полностью секвенированным геномом хлоропласта, а доступных фрагментов ДНК других видов Clethra было мало. Поэтому для дальнейшего изучения семейства необходимо секвенировать больше геномов хлоропласта видов Clethra.

Исследовательская группа по флоре и таксономии Восточной Африки Уханьского ботанического сада представила полный геном хлоропласта C. fargesii и сравнительный анализ характеристик геномов видов Clethra с близкородственными видами из порядка Верескоцветные (Ericales).

Полный геном хлоропласта C. fargesii имеет длину 157 486 пар оснований и содержит аннотированные 112 уникальных генов, включая 80 белковых генов, 30 генов тРНК и четыре гена рРНК.

Количество генов, содержание GC и предвзятость использования кодонов у C. fargesii очень похожи на таковые у других видов семейства в порядке Ericales. Кроме того, геном хлоропласта высоко консервативен по некоторым аспектам, что показали анализ выравнивания и перестройки, давления отбора и нуклеотидного разнообразия.

В этом геноме идентифицированы 73 микросателлитные последовательности (SSR) и семь регионов с высоким нуклеотидным разнообразием, которые могут быть использованы в качестве потенциальных маркеров для идентификации и филогении видов Clethra. Филогенетическое дерево в пределах Ericales было реконструировано на основе 75 последовательностей белковых генов хлоропласта, что подтверждает, что Clethra и Вересковые (Ericaceae) являются сестринскими группами.

Это исследование предоставляет важные данные для изучения геномов хлоропласта Clethra и будет иметь большое значение для филогенетических исследований и изучения эволюции видов этого рода.

Исследование под названием «Полный геном хлоропласта Clethra fargesii Franch., исходного симпетального растения из Центрального Китая: сравнительный анализ, адаптивная эволюция и филогенетические взаимоотношения» было опубликовано в журнале Forests.