Геном салата: опубликована сборка генома латука
Сегодня, 12 апреля, исследователи из Калифорнийского университета в Дэвисе сообщили в Nature Communications, что расшифровали огромный массив генетической информации о латуке и родственных растениях. Опубликована первая комплексная сборка генома для салата-латука (Lactuca sativa) и всего обширного семейства Астровые (Compositae).
Lactuca sativa — это вид, включающий множество типов салата: от айсберга до романо. С ежегодной стоимостью производства более $2,4 млрд, это самый ценный свежий овощ и одна из 10 самых ценных культур в США в целом.
Латук — член огромного семейства Астровые, которое включает как полезные, так и вредные растения: от ромашки и подсолнечника до амброзии и злостного сорняка — василька.
Эта сборка генома — компиляция миллионов последовательностей ДНК в полезный генетический портрет — предоставляет исследователям ценный инструмент для изучения множества родственных видов растений семейства Астровые.
«Эта сборка генома закладывает основу для многочисленных дальнейших генетических, эволюционных и функциональных исследований всего этого семейства растений», — сказал ведущий автор Себастьян Рейес-Чин-Во.
«Это особенно значимо, потому что Астровые — самое успешное семейство цветковых растений на Земле с точки зрения количества видов и заселяемых сред», — отметил Ричард Мишельмор, директор Центра геномики Калифорнийского университета в Дэвисе.
Трипликация генов может объяснить успех
Исследователи обнаружили, что определенные гены в геноме латука соответствуют определенным физическим признакам — например, производству млечного сока, содержащего каучук, — которые также найдены у таксономически далеких видов, таких как гевея (каучуковое дерево).
Исследование также предоставило доказательства, что в ходе эволюции латука, около 45 миллионов лет назад, его геном подвергся «трипликации». В результате одна четверть генома — включая около 30% всех идентифицированных генов — теперь представлена в нескольких родственных регионах. Поскольку такие дупликации генома могут давать видам растений преимущество в колонизации новых сред, древнее событие трипликации может частично объяснить успех семейства Астровые.
Новая технология дает более точную информацию
Мишельмор отметил, что это первая опубликованная сборка генома растения, полученная с использованием новой технологии, которая дает информацию о физической близости последовательностей ДНК, с которыми связаны белки.
Этот новый подход, разработанный компанией Dovetail Genomics, привел к созданию более контигуозной и точной сборки генома, несмотря на то, что латук имеет один из самых крупных секвенированных на сегодняшний день растительных геномов.