Китайские учёные завершили сборку генома свидины Уилсона
Cornus wilsoniana (2n=22) — распространённый кустарник северной умеренной зоны Китая. Он цветёт белыми цветами весной и даёт пурпурно-чёрные ягоды осенью. Его уникальная пятнистая кора особенно заметна зимой, за что растение называют «свидиной-призраком» или «гуанпишу» (дерево с глянцевой корой).
Плоды C. wilsoniana богаты маслом (до 55%), которое можно использовать в пищу. Оно содержит много ненасыщенных жирных кислот и обладает гиполипидемическим эффектом, помогая контролировать уровень липидов в крови. Растение также ценно для лесовосстановления и защиты почв благодаря высокой стрессоустойчивости.
В сентябре 2023 года журнал Horticulture Research опубликовал исследование китайских учёных под руководством профессоров Хэ Чжэньсяна, Чэнь Диджуна, Чэнь Мина и Чжан Лянбо.
Ключевые результаты исследования
Сборка генома: С помощью технологий PacBio HiFi и Hi-C получена геномная последовательность уровня хромосом. Размер генома — около 843.51 Мб, contig N50 — 4.49 Мб, scaffold N50 — 78.00 Мб.
Эволюция генома: Выявлено одно событие трипликации всего генома (WGT-γ, ~115.86 млн лет назад) и одно событие дупликации (WGD, ~44.90 млн лет назад). Реконструирована история кариотипической эволюции.
Сравнительный анализ: Обнаружена схожая структура генома с C. controversa (2n=20). Оба вида относятся к роду Cornus и разошлись около 12.46 млн лет назад.
Ключевые гены:
- Члены семейства генов FAD2 играют ключевую роль в регулировании соотношения олеиновой и линолевой кислот в масле.
- С помощью транскриптомного и метаболомного анализа идентифицировано 33 гена транскрипционных факторов MADS, тесно связанных с процессом цветения.
Это исследование закладывает основу для эволюционного анализа, изучения ключевых признаков и provides valuable resources для селекции и генетического улучшения Cornus wilsoniana.