От геномов к садам: представлен поисковик по геномам садовых культур

Геномные данные садовых культур часто разрознены и сложны для анализа, что затрудняет их применение. Для решения этой проблемы необходимы более целостные исследовательские инструменты.

Исследователи из Пекинского университета сельского хозяйства совместно с международными учеными объявили о разработке HortGenome Search Engine (HSE), опубликованной в журнале Horticulture Research 8 апреля 2024 года.

HSE объединяет геномные данные более чем 500 садовых культур на единой платформе, обеспечивая легкий доступ и эффективное сравнение генетической информации. Поисковик оснащен продвинутыми инструментами, такими как Basic Local Alignment Search Tool (BLAST) и Synteny Viewer, что упрощает процессы поиска генов и их функциональной аннотации.

Такие функции, как интерфейсы для пакетных запросов и анализ обогащения, упрощают навигацию по данным, повышая эффективность исследований. Возможность движка идентифицировать ключевые семейства генов, например, TCP-транскрипционные факторы у томатов, подчеркивает его важную роль в развитии геномных исследований и сельскохозяйственных инноваций.

Доктор Чжанцзюнь Фэй, соавтор разработки, заявил: «HortGenome Search Engine — это важный прорыв в садоводческой геномике, обеспечивающий беспрецедентный доступ к обширным геномным данным. Этот инструмент революционизирует исследования генома растений, значительно ускоряя открытия и применение в области улучшения сельскохозяйственных культур».

HSE не только упрощает геномные исследования, но и серьезно влияет на селекцию растений и генетическое сохранение. Упрощая доступ и анализ геномных данных, он позволяет исследователям быстро выявлять гены, связанные с желательными признаками, тем самым ускоряя выведение сортов, которые являются более питательными, устойчивыми и совместимыми с принципами устойчивого сельского хозяйства.