Новый инструмент для сборки геномов делает сложные исследования ДНК доступными на обычных компьютерах

Инструмент Gossamer позволяет исследователям собирать фрагменты ДНК на недорогих стандартных компьютерах, а не на суперкомпьютерах, что упрощает процесс геномной сборки — реконструкции последовательностей ДНК из образцов.

Новые технологии секвенирования ДНК производят беспрецедентные объемы данных, читая миллиарды коротких фрагментов за несколько дней. Эти фрагменты из клеток разных типов и состояний помогают отвечать на важные биологические вопросы, например, как перестраивается ДНК раковых клеток.

Чтобы ответить на такие вопросы, необходимо собрать миллиарды фрагментов в исходную последовательность. Существующие программы для сборки генома требуют огромного объема оперативной памяти и дорогой вычислительной инфраструктуры.

Команда NICTA Computational Genomics разработала прототип сборщика Gossamer, который демонстрирует возможность сборки человеческого генома на недорогих стандартных компьютерах. Прототип был представлен на Bio 2011 в Вашингтоне, крупнейшем биотехнологическом мероприятии мира. Инструмент теперь доступен для некоммерческого тестирования.

Профессор Терри Келли, директор направления здравоохранения NICTA, назвал Gossamer прекрасным примером того, как компьютерные науки играют фундаментальную роль в развитии исследований в области наук о жизни. «Gossamer — это прорыв для сообщества исследователей генома, который помогает преодолеть значительные требования к инфраструктуре, недоступной для средней лаборатории», — сказал он.