Виртуальная наноскопия: «Google Earth» для клеточных биологов

Исследователи теперь могут изучать биологические ткани от целого эмбриона до его субклеточных структур благодаря новым достижениям в электронной микроскопии и обработке изображений. Об этом сообщается в The Journal of Cell Biology (JCB). Обновленный браузерный инструмент JCB DataViewer (http://jcb-dataviewer.rupress.org) делает эти данные общедоступными для изучения.

Электронная микроскопия всегда была ограничена тем, что может запечатлеть лишь крошечную часть клетки с высоким разрешением. Это затрудняло соотнесение наблюдаемых структур с целой клеткой, тканью или органом. Просмотр образцов с низким разрешением, наоборот, показывает общую картину, но скрывает детали.

Ученые из Медицинского центра Лейденского университета (Нидерланды) решили эту проблему, создав инструменты для «сшивания» тысяч изображений электронной микроскопии в единые высокодетализированные снимки биологических тканей. Это «Google Earth» для клеточных биологов.

В выпуске JCB от 6 августа Faas и коллеги описывают усовершенствование метода «виртуальной наноскопии». Исследователи объединили более 26 000 отдельных изображений, чтобы создать почти полную электронную микрофотографию эмбриона рыбки данио. Общий размер изображения — 281 гигапиксель с разрешением 16 миллионов пикселей на дюйм.

С помощью JCB DataViewer любой пользователь может исследовать этот снимок, переходя от уровня целого эмбриона длиной 1,5 мм до субклеточных структур.

Возможность интегрировать информацию на уровне клеток и тканей открывает исключительные перспективы для новых открытий. Однако большой размер и сложность изображения потребовали серьезного обновления JCB DataViewer — платформы для хранения изображений в браузере, запущенной в 2008 году для обмена исходными данными к публикациям JCB.

«Если это можно снять, это должно быть возможно опубликовать», — говорит исполнительный редактор JCB Лиз Уильямс. — «JCB остается привержен разработке передовых инструментов для представления данных, которые двигают прогресс в области клеточной биологии».