Расшифрован геном кофе арабика

Исследователи из Калифорнийского университета в Дэвисе представили первую публичную последовательность генома Coffea arabica — вида, ответственного за более 70% мирового производства кофе.

Финансирование секвенирования обеспечила группа компаний Suntory.

Геномная последовательность теперь доступна для использования учеными и селекционерами по всему миру на портале Phytozome.net — публичной базе данных сравнительной геномики растений.

Секвенирование генома C. arabica особенно значимо для Калифорнии, где кофе впервые выращивается в промышленных масштабах на континентальной территории США.

Значение для будущего кофе

По словам генетика Хуана Медрано, новая геномная последовательность содержит информацию, критически важную для выведения высококачественных, устойчивых к болезням сортов кофе, способных адаптироваться к климатическим изменениям, угрожающим мировому производству в ближайшие 30 лет.

Как секвенировали геном

Работа стала результатом сотрудничества ученых из UC Davis. Исследователи собрали генетический материал (ДНК и РНК) с 23 деревьев сорта Гейша на ферме Good Land Organics в Калифорнии. Материал одного из деревьев (UCG-17 Geisha) использовали для построения последовательности генома.

Сложность генома

C. arabica — гибридный вид, полученный от скрещивания C. canephora (робуста) и C. eugenioides. В результате его сложный геном содержит четыре набора хромосом.

Что обнаружили

С помощью технологии Pacific Biosciences ученые установили, что геном UCG-17 Geisha состоит из примерно 1,19 миллиарда пар оснований. Исследование выявило около 70 830 предсказанных генов.

В дальнейшем ученые сосредоточатся на идентификации генов и молекулярных путей, связанных с качеством кофе, чтобы лучше понять профили вкуса сорта Гейша. Также секвенированы образцы других деревьев и сортов для изучения генетической вариативности.

Важность для индустрии

Как отмечают эксперты отрасли, это открытие необходимо для практического улучшения устойчивости кофейных ферм к социальным проблемам и изменению климата.

Роль Suntory

Финансирующая проект компания Suntory ожидает, что функциональный анализ выявленных генов приведет к созданию новых устойчивых сортов кофе с улучшенными характеристиками вкуса и аромата.