Оставление пробелов в геноме для выведения кукурузы с низкой восприимчивостью к повреждениям от мороза и засухи

Междисциплинарная исследовательская группа из Гёттингенского университета разработала новый методологический подход для снижения затрат на сбор полной генетической информации при селекции растений. Метод опубликован в журнале PLoS Genetics.

Суть метода

• Метод основан на выявлении «гаплотипных блоков» — длинных участков генома, которые очень похожи у разных растений из-за наследственности.
• Используя эту мозаичную структуру, можно математически и статистически восстановить недостающую генетическую информацию.
• Метод позволяет значительно сократить объём фактического секвенирования ДНК.

Результаты и применение

• В селекционных популяциях последовательности, восстановленные новым методом, имеют качество, сравнимое со сбором в сто раз большего количества информации непосредственно с нити ДНК.
• Метод уже используется компанией KWS Saat SE в селекционных программах из-за его экономической эффективности.
• Помимо выявления различий в отдельных нуклеотидах, метод позволяет распознавать структурные различия в ДНК, которые ранее практически не использовались в селекции.

Цель и перспективы

• Метод разрабатывался в рамках проекта MAZE для выведения линий кукурузы с низкой восприимчивостью к повреждениям от мороза и засухи.
• На текущем этапе метод эффективен только для инбредных линий в растениеводстве.
• Запланировано последующее исследование для адаптации метода к организмам с обычным двойным набором хромосом, что позволит применять его к большинству позвоночных, включая человека.