Отслеживание коронавирусов летучих мышей с помощью секвенирования нового поколения

Вспышка нового коронавируса 2019-nCoV в Ухане (Китай) подчеркивает необходимость мониторинга вирусов в популяциях животных. Для этого используют секвенирование нового поколения (NGS), но оно может быть дорогим и трудоемким, а также пропускать менее обильные вирусные маркеры.

В журнале mSphere международная группа исследователей описала стратегию обогащения NGS для мониторинга коронавирусов, особенно происходящих от летучих мышей. Метод использует зонды (приманки) — короткие фрагменты генетического материала, которые находят и связываются с вирусной ДНК, помогая её идентифицировать.

В тестовых наборах клинических образцов зонды успешно выявили коронавирусы. Подход повысил чувствительность и снизил стоимость секвенирования.

«Мы не хотим заявлять, что обогащение — панацея от всех проблем NGS, но в данном случае я действительно считаю, что это шаг в правильном направлении», — сказал Лин-Фа Ван, руководитель исследования.

Коронавирусы летучих мышей особенно важны для мониторинга, так как могут инфицировать других животных и людей. Например, вирус атипичной пневмонии (SARS) 2003 года тесно связан с вирусами летучих мышей.

Стратегия предполагает создание банков зондов для известных коронавирусов в «мирное время» (вне вспышек) и их использование для отслеживания эволюции и распространения вирусов во время вспышек («военное время»).

Ключевой вызов метода в том, что «вы находите только те вирусы, которые знаете», так как зонды создаются на основе уже известных последовательностей. Поскольку вирусы постоянно меняются, библиотеку зондов необходимо часто обновлять.

«Чтобы обогащение NGS было действительно успешным, нам нужно рассматривать нашу библиотеку зондов как живую библиотеку. Это будет наша постоянная задача», — отметил Ван.