Первый комплексный атлас экспрессии микроРНК в первичных клетках человека

Тело человека состоит из сотен различных типов клеток с разными функциями и поведением, несмотря на практически идентичную последовательность генома. Это разнообразие обеспечивается сложной регуляторной сетью, включающей регуляторные белки и РНК, такие как микроРНК. Нарушения в работе таких сетей играют важную роль в развитии заболеваний, особенно рака.

Международный консорциум FANTOM под руководством RIKEN создал первый обширный атлас экспрессии микроРНК в первичных клетках человека. Используя коллекцию образцов РНК, собранную в рамках пятой фазы проекта FANTOM, команда секвенировала библиотеки микроРНК сотен человеческих образцов, включая многие типы клеток, которые ранее не исследовались на предмет наличия микроРНК.

На более ранних стадиях проекта FANTOM каждый образец был профилирован с помощью технологии Cap Analysis Gene Expression (CAGE), разработанной в RIKEN для определения точных точек старта транскрипции РНК. Объединение данных CAGE с данными по микроРНК позволило создать интегрированный атлас экспрессии микроРНК, а также карту геномных регионов, контролирующих их экспрессию в разных типах клеток. Вместе эти наборы данных впервые показывают, как эти регуляторы способствуют формированию уникальной идентичности каждого типа клеток в организме человека.

В исследовании, опубликованном в Nature Biotechnology, учёные показали, что выявленные геномные контрольные регионы микроРНК высоко консервативны в эволюции, что подчёркивает их важность в клеточной регуляции. Исследователи также обнаружили тысячи новых геномных локусов, продуцирующих короткие РНК, которые могут представлять собой новый класс регуляторных коротких РНК.

Михил де Хун из RIKEN Center for Life Science Technologies заявил: «Мы сделали атлас экспрессии доступным онлайн и ожидаем тысячи пользователей по всему миру. Мы считаем, что он станет важным ресурсом для понимания регуляции микроРНК и её роли в заболеваниях человека».