Атлас микроРНК растений: результат международного сотрудничества
Исследователи из Университета Делавэра (UD) Блейк К. Майерс и Памела Дж. Грин опубликовали в журнале Nature Communications (23 апреля) статью "Sample Sequencing of Vascular Plants Demonstrates Widespread Conservation and Divergence of microRNAs". Это их 34-я совместная публикация.
Сравнительный анализ разнообразия растений
Работа основана на гранте Национального научного фонда (NSF) 2006 года. Целью было создание ресурсов для сравнительного анализа малых РНК у растений с использованием передовых методов секвенирования нового поколения.
- Цель: Изучить эволюцию и разнообразие геномов в царстве растений, включая виды экономической важности (кукуруза, соя, сосна).
- Фокус: МикроРНК — важные регуляторные РНК, контролирующие экспрессию генов. Некоторые из них консервативны у разных видов, другие — видоспецифичны.
Создание базы данных малых РНК
Для анализа исследователи собрали образцы 34 видов растений, включая водное морское растение и многоклеточную водоросль. Для большинства видов были созданы три библиотеки: из листьев, цветов и третьей, наиболее важной с сельскохозяйственной точки зрения, ткани (например, плода).
- Секвенирование выполнила компания Illumina (Хейворд, Калифорния).
- Данные были опубликованы на сайте smallRNA.udel.edu, который за 6 лет посетили более 10 000 пользователей со всего мира.
- Бывший ведущий постдок проекта Эмануэле Де Паоли отметил, что эта база данных стала "огромным источником биологической информации" для множества коллабораций.
Международное объединение усилий
При завершении работы над статьей группа UD была contacted мексиканской исследовательской группой под руководством профессора Стефана де Фольтера из Laboratorio Nacional de Genómica para la Biodiversidad (LANGEBIO). Они независимо проанализировали данные с сайта и пришли к схожим выводам.
Группы решили объединить усилия, а не конкурировать, что привело к совместной публикации с участием исследователей из США, Мексики и Италии (где к тому времени работал Де Паоли).
Результаты исследования
В статье представлен комплексный атлас малых РНК и микроРНК, основанный на анализе:
- 3 видов водорослей
- 31 вида сосудистых растений
- 132 миллионов уникальных последовательностей из 99 различных тканей или образцов
Основной результат: Исследователи идентифицировали последовательности микроРНК в библиотеках и реконструировали их эволюционную историю у растений. Работа закладывает основу для будущих исследований, предоставляя новые данные о консервации и дивергенции микроРНК в растительном мире.