Новый класс молекул может усилить разработку вакцин от рака

Эффективные противораковые вакцины до сих пор были сосредоточены на неоантигенах — опухолеспецифичных пептидах, возникающих в результате приобретенных мутаций. Однако не каждая опухоль продуцирует такие узнаваемые иммунной системой антигены, что ограничивает действенность вакцин для всех пациентов.

Команда под руководством Элиезера Ван Аллена из Института рака Дана-Фарбер обнаружила совершенно новый класс неоантигенов. Исследование, опубликованное в Nature Biotechnology, возглавили студент-медик Алисия Смарт и вычислительный биолог Клэр Марголис.

Эти новые молекулы названы «неоантигенами с удержанными интронами». Они происходят из коротких сегментов некодирующей ДНК внутри генов — интронов, которые обычно вырезаются при трансляции генов в белки. Однако при раке интроны часто остаются в конечном белковом продукте.

Ученые разработали алгоритм для выявления таких удержанных интронов у 48 пациентов с меланомой, получавших иммунотерапию ингибиторами контрольных точек. Включив удержанные интроны в анализ, команда примерно удвоила количество идентифицируемых неоантигенов. Было обнаружено, что эти новые пептиды связываются с молекулой MHC класса I — это первый шаг к распознаванию иммунной системой.

Исследователи также проверили, эффективнее ли терапия ингибиторами контрольных точек в опухолях с повышенным числом неоантигенов с удержанными интронами. Интересно, что большее количество таких неоантигенов не привело к лучшим результатам лечения. Это контрастирует с предыдущими работами, показывавшими положительную корреляцию между общим числом неоантигенов от приобретенных мутаций и ответом на иммунотерапию.

Кроме того, было обнаружено, что как опухоли, плохо отвечающие на ингибиторы контрольных точек, так и опухоли с высоким уровнем неоантигенов с удержанными интронами демонстрируют повышенную активность генов, регулирующих клеточный цикл. Препараты, нацеленные на эти же гены, могут повышать эффективность ингибиторов контрольных точек. Это указывает на возможную связь между наличием неоантигенов с удержанными интронами и потенциально эффективными комбинированными терапиями.

Авторы отмечают, что эта связь требует дальнейшего серьезного изучения. Параллельно они планируют сосредоточиться на поиске дополнительных новых классов неоантигенов для разработки противораковых вакцин.