NanoCAGE раскрывает транскрипционный ландшафт главного обонятельного эпителия мыши

Проблема идентификации промоторов генов обонятельных рецепторов (>1000 генов) долгое время оставалась нерешённой из-за сложности получения достаточного количества материала из обонятельного эпителия. Учёные из RIKEN Omics Science Center в сотрудничестве с коллегами из Италии, Норвегии, США, Великобритании и Германии решили эту проблему с помощью технологии nanoCAGE, которая позволяет проводить комплексный анализ сайтов начала транскрипции (TSS) из крошечных биологических образцов.

У мыши запахи воспринимаются главным обонятельным эпителием (MOE) с помощью около 1100 типов обонятельных рецепторов, экспрессируемых обонятельными сенсорными нейронами. При этом каждый нейрон экспрессирует только один тип рецепторов, а механизм этой селективной экспрессии остаётся в основном неизвестным. Популяция нейронов, экспрессирующих конкретный рецептор, мала, что затрудняет транскрипционный анализ.

Технология nanoCAGE — единственная, которая может комплексно идентифицировать точные TSS как кодирующих белок, так и некодирующих кэпированных мРНК и количественно оценивать уровень их экспрессии, начиная с образцов РНК массой всего в несколько нанограмм. Применив nanoCAGE к MOE, исследователи успешно идентифицировали 87,5% TSS генов обонятельных рецепторов.

Результаты впервые показали, что гены обонятельных рецепторов содержат сотни некодирующих РНК, что предполагает их важную роль в транскрипционной регуляции этих рецепторов.

Доктор Пьеро Карнинци отметил: "В сочетании с CAGE технология nanoCAGE предоставляет новую возможность раскрывать генные сети в нервной системе с помощью омиксных подходов".

Исследование опубликовано в журнале Genome Research.