Oxford Nanopore анонсировала прорывные геномные секвенаторы GridION и MinION
На конференции Advances in Genome Biology and Technology во Флориде компания Oxford Nanopore (спин-офф Оксфордского университета) представила две новые машины для секвенирования генов.
Ключевая инновация: технология strand sequencing (секвенирование нанопорами). Инженерный белковый нанопор протягивает нить ДНК через отверстие. Микросхема измеряет мельчайшие изменения электрического тока в окружающей мембране, когда через пору проходят отдельные нуклеотидные основания (T, C, G, A). Это позволяет анализировать сразу очень длинные участки ДНК, исключая необходимость сборки коротких фрагментов на компьютере.
Устройства:
- MinION — размером с ладонь, подключается к USB-порту ноутбука.
- GridION — более крупная версия, модули которой можно объединять для увеличения мощности.
Производительность:
- Комплекс из 20 модулей GridION (стоимостью около $5000) может отсеквенировать весь геном человека за 15 минут.
- Для сравнения: новейший секвенатор Ion Proton от Life Technologies (стоимость ~$150 000) выполняет ту же задачу за 24 часа.
Потенциал MinION:
При цене всего $900 устройство открывает возможности для полевых исследований. Учёные смогут почти мгновенно анализировать небольшие геномные образцы прямо на месте для:
- проверки чистоты линий сельскохозяйственных культур,
- тестирования мяса на микроорганизмы,
- изучения мелких генетических изменений у биологических видов.
Вызов для индустрии: Анонс стал неожиданностью для лидеров рынка — американских компаний Illumina и Life Technologies.
Существенный недостаток: Текущая погрешность устройств составляет 4%, что слишком много для многих применений. Компания заявляет, что планирует значительно снизить этот показатель до выпуска продуктов (намечен на этот год).