Некоторые длинные некодирующие РНК оказались кодирующими
Раньше считалось, что РНК бывают двух типов: кодирующие (мРНК), которые производят белки, и некодирующие, выполняющие структурные роли. Однако новое исследование, опубликованное в The EMBO Journal, предсказывает, что некоторые длинные некодирующие РНК могут давать начало малым функциональным белкам.
Используя метод рибосомного профилирования, учёные идентифицировали несколько сотен длинных некодирующих РНК у человека и рыбки данио-рерио, которые могут кодировать пептиды.
Как это работает:
- Рибосомное профилирование позволяет количественно измерить, какая часть РНК транслируется в белок, выявляя фрагменты мРНК, защищённые рибосомой.
- Высокое разрешение метода позволило визуализировать движение рибосомы с шагом в три нуклеотида (один кодон).
- Для анализа данных использовали биоинформатический инструмент ORFScore, разработанный в лаборатории.
Ключевое подтверждение:
- Второй вычислительный метод micPDP показал, что выявленные РНК соответствуют пептидам, консервативным в ходе эволюции, что указывает на их функциональную важность.
- С помощью масс-спектрометрии удалось детектировать и охарактеризовать почти 100 пептидов, закодированных этими РНК.
Почему их раньше не замечали?
Стандартные методы аннотации генома по умолчанию отфильтровывают короткие открытые рамки считывания (кORF), так как их очень много.
Значение открытия:
Это исследование значительно расширяет набор генов позвоночных, кодирующих микропептиды, и открывает путь к изучению их функций in vivo. Уже есть первые примеры: пептид Toddler (из длинной некодирующей РНК) действует как активатор рецептора, связанного с G-белком, и способствует подвижности клеток у эмбрионов рыб.