Нуклеосомы могут снижать эффективность редактирования генов CRISPR-Cas9

Исследователи из Университета Юты обнаружили, что нуклеосомы могут ингибировать эффективность разрезания CRISPR/Cas9. Их работа, опубликованная в Proceedings of the National Academy of Sciences, включала тестирование техники редактирования генов на образцах дрожжей.

Техника редактирования генов CRISPR-Cas9 использует направляющую РНК для поиска и вырезания сегментов ДНК. Однако, когда целевой сегмент является частью нуклеосомы, эффективность разрезания, вероятно, снижается. В этом новом исследовании ученые провели in vivo тест и подтвердили, что использование CRISPR-Cas9 на нуклеосомах может работать не очень хорошо.

ДНК упакована в ядре клетки с помощью механизма, который включает наматывание нитей на белки. Такие свернутые структуры известны как нуклеосомы. Ранее возможность проблем с доступностью изучалась в пробирках (in vitro) или на известных нитях, не входящих в состав нуклеосом.

В данной работе исследователи применили CRISPR-Cas9 с разными направляющими РНК в живых дрожжах, что позволило редактировать разные мишени. Некоторые мишени находились в нуклеосомах, а другие — нет.

Ученые сообщают, что эффективность разрезания была значительно ниже в нуклеосомах, чем в областях вне нуклеосом. Однако они также обнаружили, что при аналогичном тестировании другой техники редактирования генов — цинковых пальцев — такой разницы не наблюдалось.

Группа предлагает, чтобы в будущих работах по редактированию генов для повышения эффективности использовались карты позиций нуклеосом.