Программное обеспечение с открытым исходным кодом для минимизации рисков синтетической биологии
Пакет программного обеспечения, разработанный для минимизации потенциальных рисков синтетической биологии для обороны и безопасности страны, теперь доступен индустрии синтеза генов и сообществу синтетической биологии в формате с открытым исходным кодом.
Университет Вирджинии (Virginia Tech) предоставил лицензию на GenoTHREAT — инструмент для выявления использования синтетической ДНК в качестве агентов биологического терроризма. Разработанный как проект с открытым исходным кодом под руководством Жана Пекку, доцента Института биоинформатики Вирджинии, он распространяется под лицензией Apache License Version 2.0 для обеспечения широкой доступности.
GenoTHREAT реализует метод скрининга "наилучшего совпадения" (best match), рекомендованный федеральным правительством для минимизации риска получения токсинов и других потенциально опасных материалов от поставщиков синтетической ДНК неавторизованными лицами или лицами со злым умыслом. Процесс разработки GenoTHREAT позволил команде провести строгий биоинформатический анализ сильных сторон и ограничений метода "наилучшего совпадения", который был опубликован в мартовском выпуске журнала Nature Biotechnology.
Пять соавторов отчета — студенты бакалавриата, которые работали с Пекку в рамках команды для конкурса International Genetically Engineered Machines (iGEM) 2010 года. Остальные два автора — аспирант и администратор базы данных из группы Пекку.
Проект демонстрирует, как можно обучать студентов использовать междисциплинарные стратегии для решения важнейших современных научных проблем, сочетая инженерный и биологический опыт.
С момента создания первой синтетической клетки в мае 2010 года вопросы безопасности и этики синтетической биологии обсуждались на слушаниях в Конгрессе, Президентской комиссией по изучению биоэтических вопросов и Национальной академией наук.
Капитан Тереза Лоуренс из Министерства здравоохранения и социальных служб США пояснила, что, хотя правительство США не одобряет какие-либо конкретные инструменты, оно поддерживает усилия по разработке новых и улучшенных методов скрининга двуцепочечных последовательностей ДНК для целей биобезопасности.