Выпущена расширенная версия Phytozome.net

Выпущена улучшенная версия портала Phytozome.net для сравнительной геномики растений, предназначенного для исследований в области биотоплива, продуктов питания, кормов и волокон. Проект реализован Объединённым институтом геномных исследований (JGI) Министерства энергетики США (DOE).

Phytozome служит центральным «хабом» для доступа к растущему числу растительных геномов и включает инструменты для:

  • визуализации геномов и аннотаций,
  • анализа последовательностей,
  • массовой и целевой выгрузки данных.

Доступные в системе генные семейства, определённые для нескольких эволюционно значимых эпох, позволяют переносить функциональную информацию с модельных растений на важные сельскохозяйственные и биоэнергетические культуры, а также изучать эволюцию наземных растений.

Охват версии 4.0

Релиз Phytozome 4.0 включает четырнадцать растительных геномов, восемь из которых секвенированы в DOE JGI:

  1. Populus trichocarpa (тополь чёрный) — первое секвенированное дерево, перспективное сырьё для биотоплива второго поколения.
  2. Sorghum bicolor (сорго) — засухоустойчивая злаковая культура, второй по распространённости источник биотоплива в США.
  3. Glycine max (соя) — вторая по площади и доходности культура в США, основной источник биодизеля.
  4. Chlamydomonas reinhardtii (зелёная водоросль) — модельная система для изучения фотосинтеза, источник генов, связанных с фиксацией CO2.
  5. Brachypodium distachyon — модельное растение для изучения злаков умеренного пояса.
  6. Arabidopsis lyrata — близкий родственник модельного растения Arabidopsis thaliana, референтный геном для изучения физиологии и стрессоустойчивости растений.
  7. Physcomitrella patens (мох) — ключевой организм для понимания эволюции растительных геномов.
  8. Selaginella moellendorffii (плаунок) — обладает компактным геномом, помогающим определить древнее ядро генов, общее для всех сосудистых растений.

Кроме того, в Phytozome включены полные геномы риса, папайи, винограда, Medicago (включая люцерну), Arabidopsis thaliana, а также последовательности бактериальных искусственных хромосом (BAC) кукурузы.

Портал является результатом сотрудничества учёных из DOE JGI, Национальной лаборатории им. Лоуренса в Беркли и Центра интегративной геномики Калифорнийского университета в Беркли. Разработка финансировалась DOE, Национальным научным фондом (NSF), Национальными институтами здоровья (NIH) и Фондом Гордона и Бетти Мур.

Источник: DOE/Joint Genome Institute