Более широкая картина популяционной геномики

Еще недавно секвенирование генома одного организма занимало многие годы: например, проект по расшифровке генома человека потребовал от многих лабораторий в общей сложности 13 лет. Появление методов секвенирования нового поколения (NGS) сделало секвенирование ДНК простым и сравнительно дешевым, однако работа с большим количеством особей, необходимым для популяционно-генетических исследований, все еще остается трудоемкой и дорогой, что ограничивало их применение лишь несколькими модельными организмами.

Группа Кристиана Шлёттерера из Института популяционной генетики Венского университета ветеринарной медицины ранее показала, что объединение образцов в пулы позволяет проводить популяционно-генетические исследования при значительно меньших затратах. Однако, несмотря на широкую применимость и очевидную эффективность метода, применение NGS на уровне популяций до сих пор было возможно лишь для немногих модельных систем. Проблема заключалась в интерпретации данных. И здесь на помощь приходит новая работа группы Шлёттерера.

Роберт Кофлер, Рам Винай Пандей и Шлёттерер сообщают о разработке программного пакета с запоминающимся названием "PoPoolation2", который позволяет сравнивать популяции даже неспециалистам.

Пакет предлагает широкий спектр статистических методов для определения того, как частоты определенных форм генов — аллелей — различаются между популяциями. Программа была протестирована на последовательностях одной хромосомы из двух различных популяций плодовой мушки Drosophila melanogaster. Результаты подтвердили, что программа может правильно предсказывать уровни расхождения между выборками.

Как отмечает Шлёттерер: "PoPoolation2 помогает нам сравнивать частоты аллелей между популяциями. Это позволит нам быстро и дешево сравнивать, как популяции разных видов по-разному адаптировались к своей среде, давая нам лучшее представление о более широкой картине эволюции на практике".