База данных TreeBASE предоставляет доступ к новейшим данным о древе жизни

Учёные идентифицировали около двух миллионов видов. База данных TreeBASE, значительно улучшенная, даёт исследователям и педагогам доступ к современным знаниям об эволюционных взаимосвязях между живыми организмами.

TreeBASE — база данных для хранения, обмена и изучения эволюционных деревьев — была создана в середине 1990-х годов для архивации огромного количества филогенетической информации из научной литературы.

С момента создания первого прототипа исследователи внесли в базу более 6500 деревьев из 2400 статей, описывающих взаимосвязи более чем 60 000 таксонов. Многие журналы теперь требуют от авторов депонировать филогенетические данные в TreeBASE.

После многолетней работы команда биологов и компьютерных специалистов выпустила полностью перестроенную версию базы данных. По словам разработчиков, это сделает её более ценной для таких областей, как биология охраны природы, биогеография и образование.

Ключевые улучшения новой версии:

  • Более богатые данные: деревья теперь могут содержать информацию, например, о длине каждой ветви, что важно для изучения времени эволюционных событий.
  • Улучшенная система для сопоставления таксономических названий и идентификаторов последовательностей ДНК с другими источниками.
  • Более удобный интерфейс и расширенные возможности поиска (например, по топологии дерева).
  • Модернизированные инструменты визуализации, включая работу с большими деревьями и масштабирование.
  • Поддержка новых стандартов машинно-читаемого обмена филогенетическими данными и веб-сервисов.
  • Метаданные стали доступны для массового сбора.

Новое размещение и будущее

Ранее размещавшаяся в San Diego Supercomputer Center, база данных теперь находится под управлением Национального центра синтеза эволюции (NESCent) в Дареме, Северная Каролина. NESCent взял на себя обязательство поддерживать TreeBASE до пяти лет.

Для обеспечения долгосрочной устойчивости проекта создан некоммерческий фонд, который станет хранителем TreeBASE и других филогенетических ресурсов, таких как Tree of Life Web (ToLWeb). Код базы данных стал открытым, что позволяет любому специалисту участвовать в её развитии.