Новый метод упрощает анализ структуры РНК

Для понимания функции молекулы РНК, жизненно важной для метаболизма клетки, необходимо знать её трёхмерную структуру. Однако определение формы цепи РНК — сложная задача, часто требующая сочетания экспериментальных методов и компьютерного моделирования. Существующие вычислительные методы часто сложны, медленны и зависят от конкретной задачи.

Учёные из Международной школы перспективных исследований (SISSA) в Триесте разработали простой и универсальный метод, основанный на геометрии молекулы РНК. Он показал высокую перспективность для анализа и понимания сложных взаимодействий, характерных для этих молекул.

Геометрический подход

Новый «геометрический» модель, разработанная с использованием численных методов, имеет преимущества:

• Простота и скорость — значительно проще и быстрее традиционных моделей.
• Универсальность — применим в различных областях исследований.

Метод анализирует относительное положение нуклеотидов («бусин», образующих цепь) и их геометрию, что позволяет классифицировать молекулы по структуре.

Тестирование и результаты

«Мы провели серию тестов метода», — комментирует Сандро Боттаро из SISSA, первый автор статьи в журнале Nucleic Acid Research. — «Мы оценили его надёжность и обнаружили, что он работает так же хорошо, а в некоторых случаях даже лучше, чем традиционные, но значительно более сложные методы».

Метод успешно прошёл проверку, например, в качестве функции оценки (scoring function), которая измеряет точность различных предсказаний структуры РНК.

Преимущество метода: помимо простоты, он более универсален и может применяться к широкому кругу задач.

В исследовании также участвовали Джованни Бусси и студент SISSA Франческо ди Пальма.