Вид (species)

Вид — одна из ключевых таксономических единиц (таксонов) в систематике живых организмов. В современной биологии вид понимают как совокупность скрещивающихся популяций, которые объединены общим генофондом, экологическим единством и репродуктивной изоляцией от других подобных групп.

Однако применительно к бактериям классический критерий репродуктивной изоляции не имеет такого решающего значения, как для высших животных и растений. Это связано с тем, что бактерии способны к горизонтальному переносу генов — обмену генетическим материалом, который может выходить за пределы одного вида.

В бактериальной систематике объединение особей в вид, а также выделение надвидовых или внутривидовых категорий основывается на комплексной оценке множества признаков (критериев).

К ним относятся:

• Морфологический критерий: форма, размеры, строение клетки, наличие спор, капсул, жгутиков, фимбрий, химическая структура клеточной стенки, окраска по Граму и другие.

• Молекулярно-генетические критерии:

  • Процентное содержание гуанина и цитозина (Г+Ц) в молекуле ДНК.
  • Анализ последовательностей 16S рРНК (рибосомальной РНК).
  • Данные молекулярной гибридизации ДНК.

• Физиолого-биохимический критерий: потребности в питательных веществах, типы питания и дыхания, метаболическая активность, характер, скорость и условия роста на питательных средах, способность к фиксации азота и другие.

• Серологический критерий: антигенная структура, антигенная активность, характер взаимодействия с антителами.

• Экологический критерий: формы взаимоотношений с живой и неживой средой, роль в круговороте веществ и энергии в экосистемах.

• Географический и хозяинный критерий: область обитания, тропизм (специфическая приуроченность) к определённым хозяевам, клеткам или тканям.

Виды бактерий существуют в форме большего или меньшего числа популяций.

См. также: Идентификация микроорганизмов, Категории таксономии, Популяции микроорганизмов.

Современный контекст

С развитием методов секвенирования (прочтения генома) подход к определению вида у бактерий продолжает эволюционировать. Всё большее значение приобретает геномная таксономия, где ключевым становится сравнение полных геномных последовательностей. Одним из современных стандартов является концепция среднего нуклеотидного сходства (Average Nucleotide Identity, ANI). Обычно штаммы с ANI ≥ 95–96% относят к одному виду. Это позволяет более объективно разграничивать виды, особенно у трудно культивируемых или морфологически неразличимых бактерий.