Новый алгоритм Monovar обнаруживает мутации ДНК в отдельных раковых клетках

Исследователи из Онкологического центра им. М. Д. Андерсона разработали новый метод выявления мутаций ДНК в отдельной раковой клетке. Это значительный шаг вперед по сравнению с текущей технологией секвенирования нового поколения (NGS), которая анализирует геномы, полученные из миллионов клеток одновременно. Результаты опубликованы в онлайн-выпуске журнала Nature Methods от 18 апреля.

Новый метод, названный Monovar, представляет собой инструмент для секвенирования единичных клеток (SCS). Он позволяет ученым исследовать данные, полученные от множества отдельных клеток, что особенно важно для онкологии, так как существующие методы NGS часто «маскируют» геномные вариации внутри образца ткани.

Monovar — это новый статистический метод, который использует данные от нескольких единичных клеток для точного обнаружения однонуклеотидных вариантов (SNV) — незначительных изменений в структуре ДНК. Разработчики отмечают, что существующие вычислительные инструменты для SCS были недостаточно эффективны, и Monovar заполняет этот пробел.

Исследователи считают, что Monovar будет иметь важное практическое применение:

• В диагностике и лечении рака.
• В персонализированной медицине.
• В пренатальной генетической диагностике.

Точное обнаружение SNV критически важно для выбора тактики лечения пациента. Этот метод также может ускорить исследования в других биомедицинских областях, таких как нейробиология, микробиология и иммунология.

С развитием технологий SCS, позволяющих анализировать тысячи отдельных клеток параллельно, потребность в точном обнаружении вариантов ДНК будет только расти. Monovar способен работать с крупномасштабными наборами данных и совместим с различными протоколами полногеномного анализа, что делает его универсальным инструментом для многих типов исследований.