Новая версия Атласа белков человека
Выпущена 15-я версия Атласа белков человека. Новая версия включает данные из разных источников, что позволяет сравнивать профили тканей как на уровне РНК, так и на уровне белка.
Изучение здоровых и патологических состояний в тканях или клетках человека позволяет узнать больше и тем самым улучшить здравоохранение. Для таких сравнений исследователям сначала необходимо знать, как устроен человеческий организм. Один из способов — анализ транскриптома, то есть изучение того, какие гены активированы для создания белка в образце ткани или клетки.
Биология человека строится в три этапа: от ДНК к РНК, а затем к белку. Код ДНК необходимо скопировать в РНК, а затем считать для создания белка. Обнаружение и подсчёт молекул белка очень сложны, и учёным нужны разные методы, чтобы убедиться в достоверности данных. Один из способов — анализ транскриптома для подсчёта количества молекул РНК, скопированных с ДНК определённого гена, что создаёт картину того, каких белков ожидать от образца. Подсчёт молекул РНК проще, чем подсчёт молекул белка.
Атлас белков человека включает анализ протеома на основе более чем 25 000 антител, нацеленных на более чем 17 000 уникальных белков, в сочетании с анализом транскриптома, охватывающим все 20 000 генов человека, кодирующих белки. Новая версия атласа, выпущенная 11 апреля, также включает первичные данные из нескольких источников, что позволяет проводить сравнения.
«Новая версия Атласа белков человека значительно продвигается в плане картирования транскриптома в различных тканях человека. Эти данные легли в основу большей части метаболического моделирования, которое мы проводим здесь, в Чалмерсе. Поэтому я очень рад прогрессу, и Атлас белков человека, безусловно, станет важным ресурсом в наших стремлениях продвинуться к лучшей диагностике и прецизионной медицине», — говорит профессор Йенс Нильсен с кафедры биологии и биологической инженерии.
Запуск сопровождается статьёй в Molecular Systems Biology, описывающей ресурсы транскриптома с акцентом на сравнение наборов данных, созданных Институтом Броуда в Бостоне, США (GTEx), и Атласом белков человека. Набор данных GTEx включает более 1600 образцов в основном из перекрывающихся, но в некоторых случаях уникальных тканей по сравнению с Атласом белков человека. Данные RNA-seq из 28 тканей GTEx, имеющих соответствующую ткань в Атласе белков человека, были включены для обеспечения прямого сравнения между наборами данных Атласа белков человека и GTEx.
«Включение набора данных GTEx в базу данных Атласа белков человека делает её ещё более всеобъемлющей, и обнадёживает, что существует значительное совпадение в тканевой классификации генов на основе двух независимых наборов данных», — говорит профессор Матиас Улен, программный директор проекта «Атлас белков человека».
Статья, опубликованная в Molecular Systems Biology, обсуждает общедоступные ресурсы транскриптома человека и возможное использование этих баз данных для различных приложений, таких как построение метаболических моделей в масштабе генома, используемых для анализа функций клеток и тканей как в контексте здоровья, так и болезней.