База данных BugSigDB: каталог микробных сигнатур для анализа микробиома

Исследователи из Института науки о внедрении в народное здравоохранение (ISPH) CUNY SPH и их коллеги представили BugSigDB — общедоступную, редактируемую сообществом базу данных вручную отобранных микробных сигнатур из опубликованных исследований.

Статья "BugSigDB captures patterns of differential abundance across a broad range of host-associated microbial signatures" опубликована в Nature Biotechnology, а сама база доступна по адресу https://bugsigdb.org.

Возможности базы данных

BugSigDB фиксирует ключевые методы и результаты исследований, что позволяет проводить высокопроизводительный анализ:

• Сходства микробных сигнатур, выявленных в независимых исследованиях.
• Совместного появления и взаимоисключения отдельных микроорганизмов.
• Консенсусных сигнатур, сохраняющихся в нескольких исследованиях схожих состояний здоровья или воздействий.

База позволяет оценивать дифференциальную представленность микробиома в различных экспериментальных условиях, средах или участках тела.

Значение проекта

Людвиг Гайстлингер, первый автор и ныне ассоциированный директор по вычислительной биологии в Гарвардской медицинской школе, отмечает: "BugSigDB — это первая всеобъемлющая коллекция опубликованных микробных сигнатур для сравнения дифференциальной представленности микробиома в независимых исследованиях. Она помогла выявить воспроизводимые паттерны, которые невозможно было заметить, просто читая публикации без их стандартизации".

Профессор Леви Уолдрон, старший автор исследования, подчеркивает масштаб работы: "Это самый значительный проект в моей карьере. Это результат четырёх лет работы почти 60 студентов-кураторов, которые внесли около 3000 микробных сигнатур из 750 исследований". Он также отметил, что BugSigDB работает на той же технологии, что и Wikipedia, и следующая цель — привлечь больше редакторов для поддержки "живой" базы данных всем сообществом исследователей микробиома.