От данных Barcode of Life Data Systems к системам научных публикаций

Инновационный рабочий процесс раскрывает новый исследовательский потенциал системы данных Barcode of Life Data Systems (BOLD). Недавно опубликованная статья в Biodiversity Data Journal (BDJ) использовала записи образцов, загруженные из BOLD в табличном формате, и импортировала их в читаемый человеком текст, разработанный в рукописи с помощью Pensoft Writing Tool (PWT). Данные были использованы для изучения распространения десяти неарктических видов наездников-браконид из подсемейства Microgastrinae.

BOLD изначально создавалась для поддержки генерации и применения данных ДНК-штрихкодирования. Однако репозиторий также содержит неисследованные сокровища дополнительных данных, которые предоставляют уникальный потенциал для многих других научных целей.

В настоящее время в BOLD хранится почти 4 миллиона последовательностей (более 3,4 миллиона из них — ДНК-штрихкоды), включая данные для более чем 143 тыс. видов животных, 53 тыс. видов растений и 16 тыс. видов грибов и других организмов. Этот впечатляющий объем информации продолжает расти с каждым днем.

Группа исследователей под руководством доктора Хосе Фернандеса-Трианы из Университета Гвельфа (Канада) изучила, как уникальный массив данных, хранящихся на платформе BOLD, может быть использован для новых исследовательских целей. Выбрав в качестве примера крошечных паразитических наездников, они отобрали 630 образцов и 10 североамериканских видов. Данные, хранящиеся в BOLD, были использованы для выявления значительного количества новых записей о местонахождениях, провинциях, территориях и штатах.

Исследование получило быструю публикацию через BDJ — рецензируемое сообществом, открытое, комплексное онлайн-издание, предназначенное для ускорения публикации, распространения и обмена данными о биоразнообразии любого рода.

«Импорт структурированных данных в читаемый человеком текст важен, но это не вся история. Что более важно, данные могут быть загружены прямо из текста статьи кем угодно для дальнейшего повторного использования или автоматически экспортированы в агрегаторы данных, такие как Global Biodiversity Information Facility (GBIF). Таким образом, платформы данных могут получать больше рецензируемого контента из научных публикаций, а ученые будут получать должное признание за свои усилия», — сказал профессор Любомир Пенев, основатель Pensoft Publishers.