Новый метод ChIL-seq позволяет проводить эпигеномный анализ на малом количестве клеток

Ученые из Университета Кюсю и Токийского технологического института (Япония) разработали метод ChIL-seq (chromatin integration labeling sequencing), который позволяет анализировать взаимодействия ДНК с белками, используя всего от 100 до 1000 клеток. Это открывает возможности для изучения редких типов клеток и может способствовать открытию биомаркеров и развитию прецизионной медицины.

В чем проблема существующих методов?

Доминирующая в течение последнего десятилетия технология ChIP-seq (chromatin immunoprecipitation sequencing) требует для анализа не менее 10 000, а обычно миллионов клеток. Основная причина — значительные потери образца на этапах подготовки хроматина и иммунопреципитации.

Как работает новый метод?

Исследовательская группа под руководством Хироши Кимуры и Ясуюки Окавы решила проблему потерь, заменив два проблемных этапа на иммуноокрашивание — неразрушающий метод, подходящий для анализа тканевых образцов. ChIL-seq позволяет "приблизить" и пометить геномные последовательности рядом с целевыми молекулами до разрушения клеток, что особенно полезно для изучения адгезивных клеток.

Ключевые достижения

• Успешное определение модификаций гистонов и ДНК-связывающих факторов на 100–1000 клетках.
• Обнаружение геномных регионов, связанных с гистоновыми метками, на уровне единичной клетки, что приближает к цели создания профилирования для одной клетки.

Ограничения и перспективы

В текущей версии метод ChIL-seq имеет низкую чувствительность к гетерохроматиновым регионам, а процедура анализа занимает 3–4 дня. Однако исследователи уверены в его перспективности благодаря высокой точности (подходит для работы с единичными клетками) и гибкости, позволяющей в будущем комбинировать его с другими мощными методами секвенирования.