Использование CRISPR для усиления вирусов-убийц бактерий E. coli
Исследователи из SNIPR BIOME ApS (Дания) совместно с коллегами из Словении и США разработали метод, позволяющий с помощью системы редактирования генов CRISPR модифицировать бактериофаги (вирусы, поражающие бактерии) для целенаправленной борьбы с различными штаммами Escherichia coli (E. coli). Результаты работы, в ходе которой отредактированные фаги тестировались на мини-свиньях, опубликованы в журнале Nature Biotechnology.
Контекст проблемы: Существует острая необходимость в новых методах борьбы с бактериальными инфекциями из-за роста антимикробной резистентности. Традиционные антибиотики действуют неизбирательно, уничтожая и полезную микрофлору кишечника.
Новый подход: Одной из перспективных альтернатив является использование бактериофагов, которые могут точечно атаковать патогенные бактерии. Однако найти в природе фаги с нужной специфичностью сложно, поэтому учёные сосредоточились на их целенаправленной инженерии.
Методология: Исследователи проанализировали 162 фага на предмет способности инфицировать E. coli и отобрали 8 наиболее подходящих кандидатов. С помощью системы CRISPR эти фаги были модифицированы: в них добавили гены, кодирующие компоненты редактора, и направляющую РНК для точного нацеливания на бактериальные гены.
Результаты: Наиболее эффективной оказалась комбинация нескольких сконструированных фагов, названная SNIPR001. Испытания на мини-свиньях показали, что смесь:
- Избирательно атаковала и уничтожала E. coli.
- Не вызывала неожиданных побочных эффектов.
- Не проникала в кровоток животных.
В настоящее время препарат SNIPR001 проходит клинические испытания.