Генерация данных последовательностей ДНК в развивающихся странах

Биоразнообразие сконцентрировано у экватора, но научные учреждения, генерирующие данные последовательностей ДНК для его изучения, расположены в основном в развитых странах ближе к полюсам. Стремительное снижение стоимости секвенирования ДНК может изменить эту динамику и создать более справедливое глобальное распределение генетических исследований. В работе, опубликованной в Applications in Plant Sciences, доктор Джиллиан Дин и коллеги показали возможность получения высококачественных данных последовательностей в лаборатории в Индонезии.

Для многих лабораторий в развивающемся мире основными препятствиями являются нехватка финансирования и практического опыта. Однако финансовое, техническое и логистическое бремя производства данных ДНК резко снизилось. Секвенирование всё чаще проводят в централизованных «ядровых» (core) учреждениях, которые производят большие объёмы качественных данных из подготовленных образцов по низкой цене. Таким образом, лабораториям нужно лишь провести начальную обработку ткани для подготовки образцов ДНК к отправке.

Молекулярные методы, необходимые для подготовки образцов (экстракция, очистка ДНК, ПЦР), теперь хорошо отработаны и используют относительно простые протоколы и недорогие реагенты. «Создание молекулярно-биологической лаборатории может казаться пугающим, но по мере удешевления и упрощения методов это становится доступно всё большему числу исследователей», — поясняет ведущий автор работы доктор Джиллиан Дин. В своём исследовании команда сравнила методы генерации данных ДНК в Лаборатории молекулярной систематики Гербария Богоренсе (Индонезийский институт наук, LIPI). Данные ДНК-штрихкодирования, полученные в этом пилотном проекте, были частью работы по созданию открытой цифровой флоры Национального парка Гунунг-Палунг в Индонезии.

Развитие потенциала лабораторий в развивающихся странах по генерации данных ДНК:

• Расширяет круг contributors в базы данных последовательностей, что полезно для науки в целом и для биоинформатических анализов.
• Укрепляет научные институты в развивающемся мире, расширяя спектр возможных исследований.
• Даёт учёным больше автономии в дизайне проектов, выборе генерируемых данных и целей их использования, а также обеспечивает равный доступ и контроль над результатами.
• Соответствует правовым нормам, так как многие биоразнообразные страны вводят законы, ограничивающие вывоз образцов для исследований за рубежом.

Доктор Дин также подчёркивает этическое измерение этой работы, которое способствует созданию более справедливой глобальной научной системы и преодолению наследия колониализма. «Мы должны активнее вовлекать учёных из стран — источников образцов. Исторически сложилось, что исследователи из более развитых стран забирали образцы к себе и зачастую не делились результатами данных со страной происхождения», — говорит Дин. Это исследование — шаг на пути к более справедливому подходу.