Европейский архив нуклеотидных последовательностей (ENA): единый доступ к данным ДНК и РНК

Сегодня запущен Европейский архив нуклеотидных последовательностей (ENA), объединивший три крупных ресурса. Он стал основным европейским порталом для доступа к глобально полной информации о последовательностях ДНК и РНК. ENA находится в свободном доступе в Европейском институте биоинформатики (EMBL-EBI), входящем в состав Европейской лаборатории молекулярной биологии (EMBL).

Благодаря удешевлению и ускорению секвенирования ДНК в публичные базы данных поступают беспрецедентные объёмы информации. На сегодня ENA хранит более 20 терабаз нуклеотидных последовательностей, которые вместе со связанными аннотациями занимают 230 терабайт дискового пространства.

Структура ENA:

  • Ядро архива — тщательно аннотированные и перекрёстно связанные записи из EMBL-Bank (EMBL Nucleotide Sequence Database).
  • Прямой доступ к сырым данным:
    • European Trace Archive — сырые данные с машин для секвенирования на основе электрофореза (ранее поддерживался Институтом Сэнгера).
    • Sequence Read Archive (SRA) — новый репозиторий для сырых данных с платформ секвенирования следующего поколения (на основе массивов).

Улучшенные инструменты для подачи и доступа к данным облегчают для учёных обмен последовательностями.

Ключевые цитаты:

  • Грэм Кэмерон, заместитель директора EMBL-EBI: "Секвенирование следующего поколения сделало масштабное секвенирование ДНК доступным для большинства молекулярных биологов. Запуск ENA отражает нашу приверженность обеспечению глобального доступа к информации о нуклеотидных последовательностях".
  • Гай Кокрейн, руководитель команды ENA: "ENA предоставляет улучшенный доступ как к аннотированным, так и к сырым данным через единый удобный интерфейс. Он включает графический браузер, веб-сервисы, текстовый поиск и новый быстрый поиск по сходству последовательностей. ENA также даёт доступ к связанной информации через более 190 миллионов перекрёстных ссылок на внешние записи".
  • Тим Хаббард, руководитель отдела информатики Института Сэнгера: "Для нас, как для крупного генератора данных, важно, чтобы у научного сообщества был готовый доступ не только к аннотированным последовательностям, но и к сырым данным".

Финансирование ENA обеспечивают EMBL, Wellcome Trust и проект SLING 7-й Рамочной программы ЕС, координируемый EMBL-EBI.

Планы на будущее: В течение следующего года команда ENA планирует запустить новые функции, включая улучшенный браузер, интерактивные инструменты для подачи данных и тематические порталы (по организмам и проектам).