Расшифрован геном австралийской варaтахи — символа Нового Южного Уэльса
После разрушительных лесных пожаров «Чёрного лета» 2019–2020 годов в Голубых горах сгорел экземпляр новоюжновэльской варaтахи (Telopea speciosissima), который незадолго до этого стал первым представителем своего вида с полностью расшифрованным геномом. Эта геномная последовательность опубликована в журнале Molecular Ecology Resources.
Значение достижения
- Геном варaтахи станет моделью для изучения адаптации растений к среде и их восстановления после пожаров.
- Это первый завершённый проект в рамках инициативы Genomics for Australian Plants (GAP), цель которой — сохранение уникального растительного разнообразия Австралии.
Технические детали
- Размер генома: около 1 миллиарда пар оснований (A, C, G, T).
- Структура: 11 крупных хромосом (по две копии в клетке).
- Гены: ориентировочно 40 000 (примерно в два раза больше, чем у человека).
- Метод: использовано три технологии секвенирования ДНК, выделенной из молодых листьев дикорастущего растения. Сборка выполнена с помощью специального ПО на мощных компьютерах.
Контекст и уникальность
- Варатаха — один из пяти видов рода Telopea и один из ~1700 видов семейства Proteaceae (к которому также относятся банксии, гревиллеи, макадамия).
- До этого усилия по секвенированию были сосредоточены на сельскохозяйственных культурах и модельных организмах (например, Arabidopsis, 2000 год). Геномы Proteaceae почти не изучены.
Символ возрождения
Растение, чей геном был расшифрован, пережило пожар и дало новые побеги благодаря лигнотуберу — видоизменённому подземному стеблю, позволяющему регенерировать после огня. Оно стало символом надежды и уже размножено в Ботаническом саду Голубых гор.
Перспективы
Эта референсная геномная последовательность заложит основу для: