Расшифрован геном африканского сома для развития современной аквакультуры
Учёные из Научно-исследовательского института биологии сельскохозяйственных животных (FBN) в Думмерсторфе в сотрудничестве с международными партнёрами расшифровали геном африканского сома (Clarias gariepinus).
Исследование, недавно опубликованное в журнале Scientific Data, стало вехой для генетических исследований в животноводстве и аквакультуре.
Африканский сом — один из важнейших видов в мировом производстве рыбы. Он широко используется в аквакультуре благодаря быстрому росту, адаптивности к разным условиям среды и устойчивости к болезням. Несмотря на важность, геном этого вида до сих пор был расшифрован лишь частично. С помощью новейших технологий секвенирования теперь удалось детально расшифровать и полностью проанализировать геном.
В текущем исследовании была выполнена гаплотип-разрешённая, почти полная сборка генома (T2T, «от теломеры до теломеры»), которая представляет 99.96% генома. Это позволяет анализировать унаследованные родительские хромосомы независимо друг от друга, что особенно важно для понимания генетического разнообразия. Геном африканского сома состоит примерно из 969.62 миллионов пар оснований, а его диплоидный хромосомный набор включает 56 хромосом.
Инструмент для дальнейших исследований
«Расшифровка генома позволяет не только дальше улучшать разведение и содержание африканского сома в аквакультуре, но и даёт ценные сведения об эволюционной биологии рыб», — говорит профессор д-р Том Голдаммер, руководитель рабочей группы генетики рыб в FBN.
«Нашим исследованием мы сделали большой шаг к дальнейшему изучению этого увлекательного вида. Данные — ценный инструмент для будущих исследований и будут предоставлены мировому научному сообществу», — добавил Голдаммер.
Геномный проект укрепляет разведение сома в Мекленбурге-Передней Померании
Африканский сом особенно адаптивен и, помимо жаберного дыхания, развил способность использовать кислород из воздуха. Теперь идентифицированы 50 генов, контролирующих этот механизм, что может продвинуть эволюционные исследования и дать новые подходы к изучению этой физиологической особенности.
Вслед за референсным геномом судака, FBN создал теперь базовую предпосылку для современных подходов к селекции ещё одного экономически значимого вида аквакультуры — африканского сома.
В Германии, например, компания Nutrition & Food GmbH в Мекленбурге-Передней Померании ежегодно производит около 500 тонн этой рыбы для комбинатов питания, больниц, школ и ресторанов. Полученные знания помогут в будущем улучшить благополучие животных при выращивании африканского сома и сократить эмиссии при производстве.