Метод выявляет более 700 генов устойчивости к антимикробным препаратам

Ученые из Службы сельскохозяйственных исследований (ARS) и их коллеги впервые обнаружили более 700 генов, которые дают микроорганизмам, таким как Salmonella и E. coli, устойчивость к антибиотикам и другим противомикробным соединениям, используя передовую технику генетического скрининга.

Исследователи применили технологию ДНК-микрочипов для поиска генов устойчивости у широкого спектра бактерий, включая Salmonella, E. coli, Campylobacter, Listeria и Enterococcus. Эти патогены могут вызывать пищевые отравления и представляют серьезную проблему для общественного здравоохранения.

Особую озабоченность вызывает тот факт, что некоторые из этих организмов приобрели генетическую устойчивость к антибиотикам, используемым для их уничтожения. Выявление генов, обеспечивающих эту устойчивость, — важный шаг в поиске новых способов контроля над патогенами.

Все идентифицированные в организмах гены заносятся в базу данных GenBank. Ученые из ARS и их коллеги из Онкологического центра Сидни Киммела проанализировали GenBank, отобрав гены, которые, согласно аннотациям других исследователей, с высокой вероятностью кодируют устойчивость.

Из примерно 5000 генов в GenBank с пометкой "антимикробная резистентность" команда выбрала около 1000 уникальных генов. На их основе был разработан микрочип с более чем 700 ДНК-зондами для детекции генов устойчивости.

ДНК-микрочип — это небольшое стеклянное слайд-покрытие, используемое для тестирования генетических образцов на наличие специфических генов. На слайды в определенном порядке наносятся фрагменты ДНК (зонды), предназначенные для обнаружения известных генов устойчивости.

Для проведения анализа ДНК, выделенную из исследуемой бактерии, метят флуоресцентными красителями и наносят на слайд с зондами. Гены устойчивости в бактериальной ДНК связываются с комплементарными им зондами на слайде, вызывая свечение соответствующего зонда, что и позволяет идентифицировать присутствующий ген.

Исследование было опубликовано в научном журнале Microbial Drug Resistance.