Два изолята из вспышки E. coli стали доступны

Вспышка Escherichia coli, вызывающая тяжелое заболевание — гемолитико-уремический синдром (ГУС), началась в Германии 2 мая 2011 года. Она унесла жизни более 20 человек и поразила более 2000. Возбудитель идентифицирован как штамм E. coli O104:H4, продуцирующий шига-токсин и вызывающий заболевание, сходное с инфекцией E. coli O157:H7.

Два изолята из этой вспышки были секвенированы. Оба штамма, TY-2482 и LB226692, аннотированы и теперь доступны в Pathosystems Resource Integration Center (PATRIC, patricbrc.org) Института биоинформатики Вирджинии (VBI), финансируемого Национальным институтом аллергии и инфекционных заболеваний (NIAID).

Команда PATRIC работает в режиме 24/7, чтобы помочь научному сообществу справиться с этой чрезвычайной ситуацией. Анализ геномов дает представление о происхождении высокопатогенных штаммов и потенциальных стратегиях реагирования.

• Геномы аннотированы с помощью Rapid Annotation using Subsystem Technology (RAST), что делает их согласованными с 184 геномами E. coli и 2865 бактериальными геномами в PATRIC.
• На основе консервативных белков всех E. coli построено предварительное филогенетическое дерево (166640 знаков, 527 генов, 354 таксона). Оно показывает, что два новых штамма наиболее близки к патогенному энтероаггрегативному штамму 55989, что может пролить свет на их происхождение. Дерево доступно в интерактивной форме на сайте PATRIC.
• Protein Family Sorter PATRIC показывает, что у новых патогенных штаммов есть несколько уникальных геномных островков по сравнению с другими E. coli. Их дальнейшее изучение может дать ключи к вирулентности или стратегиям вмешательства.

Информация в PATRIC постоянно обновляется и включает:

• Интерактивную карту заболеваний с информацией о вспышках.
• Поиск новостей Google о средствах противодействия.
• Дополнительные анализы: списки важных генов, генные деревья и множественные выравнивания последовательностей генов с их ближайшими гомологами. Обновления публикуются на сайте проекта.