KeyGenes: алгоритм предсказывает судьбу стволовых клеток человека по их генной активности

Алгоритм KeyGenes, разработанный голландскими учеными, позволяет определить, в какой орган или тип ткани превратится группа фетальных стволовых клеток, на основе снимка их текущей генной активности. Платформа сравнивает активность генов в незрелой стволовой клетке с известными данными о генной экспрессии клеток человеческого плода, определяя её потенциал. Результаты представлены 28 мая в журнале Stem Cell Reports.

Как это работает?

• Суть: KeyGenes интегрирует данные о генной экспрессии как из фетальных, так и из взрослых тканей человека, чтобы определить "баллы идентичности" для дифференцированных клеток.
• Отличие от аналогов: В отличие от платформы CellNet (2014 г.), которая оценивает качество методов дифференцировки взрослых тканей, KeyGenes фокусируется на определении типа и "возрастного эквивалента" производных стволовых клеток.
• Цель: Помочь в разработке протоколов дифференцировки, которые создают клетки, максимально близкие к своим in vivo аналогам.

Потенциальное применение:

1. В клинике: Выявление тканей, присутствующих в избытке или не на своем месте, при нарушениях развития. Точная дифференцировка собственных стволовых клеток пациента для трансплантации или тестирования лекарств.
2. В исследованиях: Уже позволил выявить ключевые гены, определяющие судьбу клетки. Среди них — транскрипционные факторы, гены, связанные с адгезией и формой клеток, а также длинные некодирующие РНК, что подтверждает их важную роль.

Платформа KeyGenes находится в открытом доступе для научного сообщества. В будущем разработчики планируют включить в неё эпигенетические данные, чтобы понять, влияет ли эпигенетическая память клетки на её способность к дифференцировке.