Рецепт успеха: MAC-tag — новый стандарт в интерактомике
Белки в клетках человека не функционируют изолированно. Их взаимодействия с другими белками определяют клеточные функции. Поэтому детальное понимание белок-белковых взаимодействий (PPIs) — ключ к расшифровке регуляции клеточных сетей и путей как в норме, так и при болезни.
В исследовании, опубликованном в сентябрьском номере (онлайн 10 августа) журнала Nature Protocols, группа под руководством научного директора Маркку Варьосалo из Института биотехнологии и HiLIFE Хельсинкского университета представляет оптимизированный и интегрированный протокол интерактомики — технологию MAC-tag.
Суть технологии
- Протокол объединяет два современных метода: аффинную очистку с масс-спектрометрией (AP-MS) и proximity-dependent biotin identification (BioID).
- Это позволяет быстро идентифицировать белок-белковые взаимодействия и исследовать молекулярную локализацию белка-мишени на клеточном уровне.
- Сопутствующий онлайн-ресурс микроскопии на основе масс-спектрометрии доступен по адресу www.proteomics.fi.
Значение и применение
Разработанный интегрированный подход предоставляет экспериментально проверенный рабочий процесс для детального картирования физических и функциональных взаимодействий белков. Он будет полезен не только сообществу интерактомики, но и клеточным, молекулярным и структурным биологам.
Цитата исследователя
«Технология MAC-tag — результат долгосрочных усилий по разработке новых инструментов системной биологии. Идентификация белок-белковых взаимодействий и их изменений при таких заболеваниях, как рак, оказалась в наших руках мощным инструментом и позволила найти точные молекулярные механизмы, лежащие в основе этих болезней. В принципе, наш протокол можно использовать столькими разными способами, что мы, вероятно, не представляем себе и половины из них», — заявляет д-р Варьосалo.
Текущее применение
Технология MAC-tag уже используется д-ром Варьосалo и его консорциумом вирусологов, медицинских химиков и других исследователей в области «омикс» для поиска новых белков-мишеней в клетке-хозяине с целью ингибирования инфекции SARS-CoV-2 и борьбы с Covid-19.