Полезность маркеров SRAP для широкого спектра исследований
Современные экологические, эволюционные и сельскохозяйственные исследования опираются на молекулярные инструменты для выявления филогенетических связей, структуры популяций и селекции ценных признаков. Однако традиционные методы, такие как AFLP, ISSR и RAPD, имеют ограничения: проблемы с воспроизводимостью, сложности в определении гомологии, а также высокие затраты времени и средств.
Маркеры последовательностно-связанного амплифицированного полиморфизма (Sequence-Related Amplified Polymorphism, SRAP) представляют собой перспективную альтернативу. Эта доминантная методика генерирует фрагменты по всему геному, отличается высокой вариабельностью и менее требовательна в техническом исполнении. Ранее SRAP в основном применялись в селекции сельскохозяйственных культур для идентификации маркеров устойчивости к патогенам и изучения генетики формы плодов, цветков и сроков цветения.
Исследователи из Университета штата Огайо в новой работе, опубликованной в Applications in Plant Sciences, обосновывают применение SRAP-маркеров в более широких областях: систематике растений, биогеографии, охране природы и экологии.
«Эти маркеры демонстрируют вариацию, полезную для выявления генетической структуры на различных таксономических уровнях, построения карт сцепления, и уже доказали свою ценность для улучшения агрономических культур», — поясняет ведущий автор исследования Дэниел Робартс.
Авторы проанализировали сотни публикаций и представили ряд примеров, подтверждающих применимость SRAP в биологии растений.
«Мы обнаружили, что SRAP-маркеры сопоставимы с AFLP по уровню вариаций, но требуют значительно меньше технических усилий и затрат, — говорит Робартс. — Более того, эти маркеры дают высоковоспроизводимые результаты, и для их использования не требуется предварительная геномная информация, что делает их идеальными для ненмодельных систем».
Исследование также предполагает, что SRAP будут полезны в сочетании с технологиями секвенирования нового поколения (NGS). Поскольку локусы SRAP получают с использованием одного прямого праймера и множества обратных, методику можно адаптировать для обогащения геномных библиотек перед NGS, создав эффективный протокол для обнаружения полиморфизмов.
«Хотя эти маркеры в основном использовались для улучшения сельскохозяйственных растений, мы видим потенциал методики SRAP как более широко применимого метода в науках о растениях. Мы ожидаем, что эти маркеры будут особенно полезны для популяционных исследований, но наши результаты показывают, что они, вероятно, станут полезным инструментом и на более высоких таксономических уровнях», — заключает Робартс.