Исследователи используют машинное обучение для понимания микробных взаимодействий

Микробиом желудочно-кишечного тракта (ЖКТ) человека, состоящий из триллионов микроорганизмов, сравнивают со "вторым мозгом" из-за его связи с депрессией, инфекциями и даже раком.

Профессор Раду Маркулеску и аспирант Чи Ло из Университета Карнеги-Меллон разработали алгоритм машинного обучения MPLasso. Он анализирует данные из медицинской и научной литературы за последние десятилетия, чтобы выявлять ассоциации и взаимодействия между микробами в ЖКТ.

Ключевые особенности MPLasso:

• Точность 95% благодаря решению проблем высокой размерности и композиционности данных микробиома.
• Публичная доступность через GitHub с возможностью загрузки собственных данных.
• Самообучение: база данных и модель постоянно обновляются по мере поступления новой информации, повышая точность предсказаний.

Этот инструмент — важный шаг к пониманию того, как сосуществование микроорганизмов влияет на здоровье человека, и может стать основой для профилактической медицины.

Исследование опубликовано в журнале PLOS Computational Biology.