Новый метод поиска регуляторных участков генов без знания о регуляторах

Исследователи из Университета Иллинойса разработали новый статистический метод, позволяющий сканировать геном в поиске специфических регуляторных участков генов, не требуя предварительных знаний о соответствующих факторах транскрипции. Метод был экспериментально подтвержден как в геноме мыши, так и в геноме плодовой мушки.

Метод основан на поиске cis-регуляторных модулей — кластеров сайтов связывания, к которым присоединяются молекулы, регулирующие активность генов. Начиная с короткого списка образцов последовательностей таких модулей, полученных с помощью генетических анализов, компьютерные алгоритмы ищут по всему геному другие последовательности со схожими сайтами связывания и функциональностью.

"Наш статистический подход более широко применим, чем другие подходы, и особенно полезен для исследования генетических регуляторных сетей с относительно слабой предварительной характеристикой", — заявил профессор Саурабх Синха.

Исследователи провели обширные перекрестные проверки, представляющие сотни модулей в геномах мыши и плодовой мушки. Семь предсказаний были экспериментально подтверждены с помощью генетических методов, что продемонстрировало эффективность подхода для млекопитающих и насекомых.

В настоящее время команда работает над термодинамическими моделями для потенциального использования в предсказании cis-регуляторных модулей у разных видов. Это может позволить использовать знания о регуляции генов у одного вида для предсказаний в соответствующих системах у эволюционно далеких видов.