Обнаружены новые эндогенные ретровирусы в геноме коалы

Исторические вирусные инфекции можно отследить в геномах позвоночных. Миллионы лет эти геномы служили хранилищами для ретровирусов, которые встраивали свой код в половые клетки и наследовались как эндогенные ретровирусы (ERV). Исследователи из Уппсальского университета представили новые данные об установлении ретровирусов в геноме коалы. Результаты опубликованы в журнале PNAS.

Учёные изучили геном коалы и обнаружили новые линии ERV в дополнение к уже известному ретровирусу коалы (KoRV). KoRV связывают с заболеваниями у коал, такими как рак, и он находится в процессе закрепления в качестве ERV в популяции. Это делает коал потенциальной моделью для изучения установления ретровирусов в реальном времени и их влияния на здоровье. Данный потенциал усиливается неожиданной картиной распределения новых линий ERV.

"Скрининг доступных геномов коал позволил идентифицировать новые линии ERV. Одна из них родственна ретровирусу беличьего саймири, который обычно встречается в Южной/Центральной Америке. Многие ERV этого типа найдены лишь у нескольких особей коал, что указывает на их относительно недавнее происхождение. Это может даже свидетельствовать о продолжающемся процессе закрепления в популяции", — говорит ведущий автор исследования Метте Лили.

Массовое секвенирование полных геномов из популяций видов позволяет исследователям проводить параллели между новыми ERV и ретровирусами, которые в настоящее время закрепляются, такими как KoRV. На основе картины распределения ERV в популяции и сравнения различий между линиями ERV учёные делают вывод, что в коалах и других видах животных, обитающих в той же среде, могут быть обнаружены дополнительные активные ретровирусы. Эти наблюдения стимулируют поиск потенциально активных ретровирусов в австралийской фауне, которые ещё не идентифицированы.

"ERV, оставшиеся после прошлых ретровирусных инфекций, теперь позволяют раскрыть исторические взаимодействия между ретровирусами и видами животных, например, отследить пути передачи вирусов. Вариации в паттернах распределения ERV внутри популяций хозяев также могут быть ценными в качестве геномных маркеров, например, для управления и защиты исчезающих видов", — отмечает руководитель исследования Патрик Йерн.