К универсальному лекарству от всех коронавирусов
Исследователи определили наиболее перспективные мишени для создания препаратов, действующих против всех коронавирусов. Работа опубликована в Journal of Proteome Research.
Учёные проанализировали вирусные белки 27 видов коронавирусов и тысячи образцов от пациентов с COVID-19, чтобы найти высококонсервативные последовательности — лучшие мишени для лекарств.
- Принцип поиска: Лекарства часто связываются в «карманах» на белках. Мутации могут изменить карман, и препарат перестанет работать. Однако некоторые карманы настолько важны для функции белка, что не могут мутировать и остаются консервативными у родственных вирусов.
- Метод: С помощью компьютерного алгоритма учёные нашли лекарственно-связывающие карманы в 3D-структурах 15 белков SARS-CoV-2, а затем сравнили соответствующие последовательности у 27 видов коронавирусов.
Результаты: Два наиболее консервативных «кармана»:
- Карман, перекрывающий сайт связывания РНК у геликазы nsp13.
- Карман, содержащий каталитический сайт РНК-зависимой РНК-полимеразы nsp12.
Оба белка участвуют в репликации и транскрипции вирусной РНК. Карман на nsp13 также оказался абсолютно консервативным (без единой мутации) в тысячах образцов SARS-CoV-2 от пациентов.
Выводы:
- Новые противовирусные препараты, нацеленные на каталитический сайт nsp12, уже проходят клинические испытания II и III фазы.
- Сайт связывания РНК у геликазы nsp13 — ранее малоизученная мишень, которая должна стать высоким приоритетом для разработки лекарств.