Автоматизированная система подготовки кДНК ускоряет CAGE-анализ на секвенаторе одиночных молекул

Исследователи из RIKEN Omics Science Center (OSC) разработали роботизированный рабочий процесс подготовки образцов для секвенатора одиночных молекул HeliScope, который сокращает время подготовки с 42 дней до всего 8 дней. В основе метода лежит Cap Analysis of Gene Expression (CAGE), уникальная технология, разработанная в OSC для определения сайтов начала транскрипции в геноме и их уровней экспрессии.

Главным препятствием в секвенировании ДНК является длительное время подготовки образцов, особенно по сравнению со скоростью работы секвенаторов нового поколения. Ранее исследователи OSC адаптировали метод CAGE для платформы HeliScope, а теперь сократили время подготовки с помощью новой автоматизированной системы.

• Скорость: Подготовка 96 библиотек кДНК для CAGE, которая вручную занимала 42 дня, теперь выполняется автоматически за 8 дней.
• Качество: Сравнение результатов анализа сайтов начала транскрипции и их экспрессии показало, что данные, полученные с использованием новой системы, воспроизводимы и сопоставимы с результатами ручной подготовки.
• Универсальность: Новая автоматизированная система подготовки кДНК может быть применена к различным другим методам и платформам секвенирования, включая CAGE на платформе Illumina/SOLiD, RNA-seq и получение полноразмерных кДНК.