HeliScopeCAGE: новый метод анализа экспрессии генов на секвенаторе одиночных молекул

Исследователи из Центра наук «омикс» RIKEN (OSC) адаптировали метод анализа экспрессии генов для секвенирования одиночных молекул. Техника позволяет точно и количественно измерять уровни экспрессии генов, используя всего 100 нанограмм общей РНК.

Метод сочетает протокол Cap Analysis of Gene Expression (CAGE), разработанный в RIKEN OSC, с системой Helicos® Genetic Analysis System от Helicos BioSciences Corporation. Это открывает возможности для детального анализа сетей экспрессии генов и редких популяций клеток.

Ключевые особенности метода:

• CAGE позволяет не только проводить высокопроизводительный профилинг экспрессии генов, но и одновременно идентифицировать сайты инициации транскрипции (TSS), специфичные для каждой ткани, клетки или состояния.
• HeliScopeCAGE адаптирован для работы с секвенатором одиночных молекул HeliScope™.
• В отличие от более ранних секвенаторов, система HeliScope не использует ПЦР-амплификацию, которая может вносить систематические ошибки в данные. Вместо этого она секвенирует саму молекулу ДНК, обеспечивая прямое и высокоточное измерение.

Результаты, опубликованные в Genome Research:

• Прямой подход снижает систематические ошибки и генерирует высоковоспроизводимые данные, используя от 5 микрограмм до 100 нанограмм общей РНК.
• Сравнение на клеточных линиях лейкемии (THP-1) и рака шейки матки человека (HeLa) показало, что результаты метода тесно коррелируют с данными традиционного микрочипового анализа.

HeliScopeCAGE значительно расширяет область исследований OSC, позволяя проводить высокоточный анализ экспрессии генов из минимальных образцов, и укрепляет роль института в Японии как центра анализа геномов следующего поколения.