Секвенирующая платформа HeliScopeCAGE — мощный инструмент для выявления тонких изменений в экспрессии генов

Международный консорциум FANTOM5 под руководством ученых из RIKEN Omics Science Center (Иокогама, Япония) ставит перед собой амбициозную задачу: описать регуляцию экспрессии генов во всех известных типах человеческих клеток. Ожидается, что в рамках проекта будет создано порядка 3000 и более наборов данных, охватывающих большинство типов клеток, тканей и подтипов рака у человека.

Ключевую роль в этой работе играет высокочувствительная методика анализа экспрессии HeliScopeCAGE, разработанная исследователями FANTOM5. В отличие от предыдущих методов на основе CAGE (cap analysis of gene expression), которые полагались на ПЦР-амплификацию и могли вносить искажения, новая методика использует прибор HeliScope (Helicos Biosciences) для анализа отдельных молекул ДНК и полностью исключает этап ПЦР.

Преимущества метода:

• Высокая чувствительность: позволяет получать точные результаты всего из 100 нанограмм материала (мРНК примерно из 20–100 тысяч клеток).
• Широкий динамический диапазон: фиксирует различия в уровнях экспрессии генов в диапазоне пяти порядков величины.
• Высокая воспроизводимость и количественная точность, подтвержденная контрольными экспериментами.
• Обнаружение изменений: методика выявила изменения в экспрессии тысяч генов, которые ускользали от более старых платформ.

Консорциум FANTOM5 уже выполнил около трети своей цели по созданию 3000 библиотек. Автоматизированная платформа HeliScopeCAGE ускоряет прогресс, а сама методика доступна для научного сообщества через Институт RIKEN в Иокогаме.