Упрощение технологии редактирования генов CRISPR
Международная команда исследователей упростила сложную реализацию технологии CRISPR, сделав её более доступной и стандартизированной. Более простая и быстрая система, описанная в журнале Nature Communications, предлагает широкую платформу для «готового» геномного редактирования, что может снизить порог входа для использования этой мощной технологии.
Суть метода
Исследователи предложили обойти необходимость создания уникальной направляющей РНК (guide RNA) для каждого целевого гена. Вместо этого они нацелили CRISPR на универсальную последовательность, которая уже присутствует в существующих коллекциях генетических нокаутов.
- Цель: Универсальные сайты FRT, фланкирующие кассету устойчивости к канамицину в коллекции клонов E. coli Keio.
- Преимущества: Один и тот же комплекс рибонуклеопротеина (CRISPR) можно использовать для редактирования любого гена в коллекции. Это устраняет необходимость в дизайне и клонировании новой guide RNA для каждой мишени и упрощает стратегию построения шаблона для репарации.
Практическая значимость
- Доступность: Коллекция Keio (созданная в 2006 году в результате сотрудничества Университета Кейо в Японии и Университета Пердью в США) доступна в лабораториях по всему миру, а отдельные клоны можно получить за символическую плату из централизованных генетических банков.
- Универсальность: Метод показал свою эффективность
для:
- Нацеливания на гены, необходимые для жизни.
- Создания большой коллекции организмов с разными мутациями в одном хромосомном гене.
- Добавления новых последовательностей к гену в его естественном геномном контексте.
- Потенциал: Подход может быть применён к многим другим модельным организмам (помимо E. coli), которые имеют коллекции ген-замен или вставок, нацеливаемые одной guide RNA.
Цитаты исследователей
- Др. Дэвид Марчано: «Мы поняли, что нам не понадобится новая guide RNA для каждого гена, если мы просто нацелимся на универсальную последовательность, найденную в коллекциях нокаутов... Эта последовательность есть во многих генетических коллекциях клинически важных бактерий и даже в некоторых коллекциях дрозофилы».
- Др. Тун Свингс: «Мы надеемся, что наша работа обеспечит широкую платформу для различных подходов генной инженерии».
- Др. Оливье Лишарж: «Это хороший пример силы бактериальной генетики. Именно там CRISPR был впервые обнаружен, и теперь другая бактериальная технология может сделать его ещё более полезным».
- Др. Ян Михилс: «Разработанная платформа на основе CRISPR будет полезна многим исследователям в микробиологии, позволяя им проводить быстрое редактирование единичных нуклеотидов в интересующих генах или генерировать хромосомные коллекции мутантов — один из первых шагов в понимании функции генов».