Набор для детекции всех видов вирусов Potyvirus
Исследователи из Института клеточной и молекулярной биологии растений (IBMCP), совместного центра Политехнического университета Валенсии (UPV) и Испанского национального исследовательского совета (CSIC), разработали новый набор для анализа. Он позволяет обнаруживать все виды вирусов рода Potyvirus — самого крупного рода вирусов растений — с помощью всего одного теста и по сниженной стоимости.
Род Potyvirus включает 148 видов, некоторые из которых угрожают большей части плодовых и овощных культур. «Они представляют наибольшую угрозу для производства картофеля в мире и могут снизить урожайность культуры до 90%. Кроме того, он вызывает самые разрушительные каменные болезни плодов во всем мире», — поясняет исследователь IBMCP Хесус Анхель Санчес.
Большинство доступных систем для обнаружения вирусов основаны на комбинации серологических тестов и полевых инспекций для выявления визуальных симптомов. Эти методы требуют много времени или дорогостоящи. «Наш набор позволяет обнаружить все виды рода вирусов быстрым, простым способом и с помощью всего одного теста», — говорит Хесус Анхель Санчес. Кроме того, возможность повторного использования специфических зондов позволяет проводить крупномасштабные исследования по доступной цене.
Устройство, разработанное в IBMCP, основано на нерадиоактивной молекулярной гибридизации и способности детектировать несколько генетических последовательностей.
В наборе используется тандемная фузия фрагментов нуклеиновых кислот, которая позволяет обнаруживать комплементарные последовательности с высокой чувствительностью (пикограммы), повышая эффективность и процент успеха. Гибридизация при 50 градусах обнаруживает все последовательности, которые имеют не менее 68% идентичности. Кроме того, этот процесс выполняется с небольшим расходом материалов, что снижает стоимость анализа и оптимизирует время его выполнения.
Новый набор способен обнаруживать все вирусы рода Potyvirus, а также может идентифицировать новые типы вирусов, ранее не описанные. Его можно использовать для обнаружения практически всех вирусов, представляющих интерес для агрономов, таких как принадлежащие к родам Potexvirus (41 вид), Tospovirus (25) или Begomovirus (108).
«Использование нескольких специфических зондов для одного типа культуры (перец и томаты — одни из наиболее поражаемых овощей) могло бы связать все вирусы, влияющие на эту конкретную культуру. В долгосрочной перспективе система может быть расширена и адаптирована для обнаружения любого типа вируса, а не только связанных с агрономией», — заключает Хесус Анхель Санчес.